A Bionic Commando az 1988-as NES-es klasszikus első igazi folytatása, melyben láthatjuk visszatérnbi a biológiailag megerősített Nathan „R.A.D.” Spencert. Az idő nem volt kegyes Spencer-hez. Öt évvel a birodalmiak hősies legyőzése után elárulják a kormány által, melynek a védelmére esküdött fel, majd bebörtönzik olyan bűnökért, melyeket nem követett el, és halálra ítélik.